Historia Klus wiąże się ściśle z kościołem, zwanym niegdyś „Clausula Mariana”, od niego pochodzi nazwa osady „Claussen”. Kościół był położony malowniczo na widocznym, z dala wzniesieniu, dominującym nad okolicą.

Prawdopodobnie wybudowano go jeszcze w czasach panowania Zakonu. Ówczesny proboszcz Jakonn Gross z Klus w sprawozdaniu do archiprezbitera Gizewiusza z Pisza w 1786 roku napisał, że przed kościołem wzniesionym w 1754 roku, istniał kościół wybudowany przez panów krzyżackich krzyżackich i mistrzów zakonnych w 54 roku XIV wieku. Jednakże w tak dawnych czasach przypuszczalnie mogła być mowa jedynie o kaplicy.

Parafia w Klusach usytuowana jest w diecezji ełckiej, która została powołana do życia 25 marca 1992 roku przez Ojca Świętego Jana Pawła II, posiada ona swą bogatą historię przeszłości. W roku, 1656 kiedy wtargnęli Tatarzy, splądrowali parafię. W Kościele w Klusach spodziewali się znaleźć pod ołtarzem naczynia liturgiczne i pieniądze. Wyrąbali pod kościołem wielką dziurę, (której ślady były jeszcze w końcu XVIII wieku, oprócz trzech wgłębień wybitych pałkami), niczego nie odkrywając. Gdy nic nie znaleźli, postanowili spalić kościół kościół i proboszcza. Wtedy duchowny Jacob Wissneru wyjaśnia im ważność miejsca świętego, w którym przybywają i opowiedział historię o wypędzeniu szatana, która wydarzyła się w 1640 roku 17 czerwca w drugą niedzielę po Trójcy Świętej. Tatarów wstrząsnęła ta historia, dzięki której kościół i proboszcz zostali uratowani. W roku 1754 stary kościół grożący zawalaniem rozebrano, a w rok później, korzystając z pomocy króla Fryderyka II, wzniesiono nowy Kościół parafialny, usytuowany jest na skraju parafii.

Obecnie regularnie odprawiane są Msze Święte we wszystkie niedziele i święta.