Kult Matki Bożej na wyspie w Studzienicznej sięga połowy XVIII wieku. Akta kroniki parafialnej notują liczny napływ pielgrzymów już w 1728 roku. Obraz Matki Bożej, który znajduje się na wyspie, jest obrazem nieznanego pochodzenia. Według tradycji ustnej, jest to obraz pułkowy Wojska Polskiego, który został zostawiony przez Polaków wracających z Napoleonem spod Moskwy, jako wotum wdzięczności za powrót i szczęśliwe ocalenie.

Podstawy kultu były badane komisyjnie w 1741 roku przez Kurię Wileńską a datę procesu ogłoszono na drzwiach kościołów w Augustowie, Suwałkach i Bargłowie.

Do rozbudzenia kultu przyczynił się pułkownik Wincenty Morawski, który w roku 1770 zbudował kościół w Studzienicznej i zanim parafia uzyskała kapłana, sam przewodniczył nabożeństwom maryjnym i wprowadził służbę Bożą.

Po rozbiorach i Powstaniu Styczniowym Studzieniczna była azylem dla sąsiednich parafii unickich. Wierni tych parafii zmuszeni ukazem carskim do powrotu na prawosławie, tu potajemnie chrzcili swoje dzieci. Carski ukaz wolnościowy z 1905 roku sprawił, że do Studzienicznej przybyło kilkanaście kompanii pielgrzymów, których liczba przekroczyła 40 tysięcy.

Dziś Studzieniczna to niewielka miejscowość koło Augustowa, to właśnie tu przypłynął statkiem 9 czerwca 1999 roku Ojciec Święty Jan Paweł II, aby odwiedzić sanktuarium Matki Bożej. To wydarzenie wiernie upamiętnia pomnik Polskiego Papieża. Papież przybył statkiem i schodził po drewnianym sześciometrowym trapie na wsypę skąd udał się do kaplicy. Pomnik stoi na styku wody i lądu.
Sanktuarium mieści się na tzw. wyspie (obecnie połączonej groblą z lądem), na uboczu komunikacyjnych szlaków, prawie zewsząd otoczone wodą z rosnącymi wokół wyspy białymi liliami wodnymi.

Przejście do kaplicy na wyspie z parkingu przy kościele pw. Matki Boskiej Szkaplerznej trwa zaledwie kilka minut.

Obecnie na uroczystości Zielonych Świąt przybywają licznie pielgrzymi z dalekich stron.